O AI-3, emitido em 5 de fevereiro de 1966, estabeleceu a eleição indireta para governadores, alinhando-se à prática já existente para a eleição presidencial.
No caso das prefeituras das capitais, o critério adotado foi o da nomeação, com os prefeitos indicados pelos governadores, sujeitos à aprovação da respectiva Assembleia Legislativa estadual.
